Seit dem Jahr 1999 ist die Schule Mönchaltorf eine geleitete Schule. Der Schulleitung obliegt die operative Führung der Schule. Sie ist für den Informationsfluss und die Koordination zu den verschiedenen Stellen verantwortlich. Für Schülerinnen und Schüler sowie Eltern ist die Schulleitung in zweiter Instanz, nach der Lehrperson, Ansprechpartner.